Luonnonsuojelualueet

Yksityismaalle luonnonsuojelualue perustetaan maanomistajan hakemuksesta. Rauhoituspäätöksen tekee Pohjois-Savon ELY-keskus. Valtioneuvoston hyväksymään luonnonsuojeluohjelmaan sisältyvä alue voidaan perustaa luonnonsuojelualueeksi myös ilman maanomistajan hakemusta tai suostumusta.

Siilinjärvellä luonnonsuojelulain nojalla on rauhoitettu seuraavat alueet: 

Jussilan lettosuo  (Suuren Ruoko-lammen suo; 2,6 ha)  (pdf, koko 48 kt)	Rauhoitettu vuonna 1973. Alueella kasvaa mm. punakämmekkä.
Alapihan ranta (pdf, koko 107 kt) (0,6 ha)	Rauhoitettu vuonna 1975. Pellon ja rannan välisellä kaistaleella kasvaa maiseman kaunistuksena arvokas mäntypuusto.
Honka-Jälän suo (pdf, koko 51 kt) (5 ha)	Rauhoitettu vuonna 1984. Suo on seudulla harvinainen ruoho- ja heinäkorpivaltainen suoalue.
Kuivasteenmäen lehto (pdf, koko 37 kt) (4 ha)	Rauhoitettu vuonna 1997. Lehdossa on vaateliaita kasveja, mm. myyränporras, soikkokaksikko, lehto-orvokki, mustakonnanmarja, lehtomatara, velholehti, lehtokuusama, koiranheisi ja metsävirna.
Kevättömällä neljä erillistä linnuston pesimä- ja muutonaikaista arvokasta aluetta (yhteensä noin 207 ha)	Rauhoitettu vuonna 2009. Järven ja sen rantojen pesimälinnustoon kuuluvat runsaan vesilinnuston lisäksi muun muassa kaulushaikara, ruskosuohaukka, kurki ja ruisrääkkä.